1、含水率高，未脫水污泥含水率大于90%，初步脫水污泥含水率也高達80%，運輸成本高，堆放占地面積大，直接填埋則會擠壓垃圾填埋場庫容，使填埋場提前報廢，引起堵塞垃圾滲濾液管等問題。

2、污泥中含有多種礦物質，并含有較多的氮、磷等植物養分和銅、鋅、鉻、汞等重金屬離子及其鹽類。污泥用于土地用途時，如果施用不當，則可能污染土地，造成不可逆的耕地退化，并直接威脅人類的食物鏈。而且，這些物質會通過地表徑流或降水等途徑進入地表水或地下水而影響其水質，其中氮、磷甚至引起水體富營養化。

3、有機物含量高，因此擁有較高的熱值，干燥后的熱值相當于褐煤的水平，但易腐敗并散發惡臭，影響大氣環境質量。

4、污泥中含有大量的寄生蟲卵、微生物、病原體以及多氯聯苯、二惡英、放射性核素等難降解的有毒有害物質，如直接施用或處理不善，將會造成嚴重的二次污染，甚至還會傳染疾病。

5、污泥密度小，一般分布在1.002-1.006g/cm3范圍內，顆粒也較細，在0.02-0.2mm之間，易管道運輸，但脫水性差，很難通過沉降進行固液分離。